Консистентность данных приложения обеспечивается самим приложением (в случае с базами при помощи логов).

1. Хватается снапшот системы целиком при помощи blksnap.
2. Спокойно утаскивается в бэкап целиком система (или при желании только диски на которых живёт файл с данными базы + логи базы).
3. Отпускаем снапшот.

База в течении всего процесса продолжает работать как будто ничего и не происходило.
При подъёме же из бэкапа база будет думать что хост на котором она стояла грохнулся по питанию, адекватные ACID compliant движки с таким спокойно справляются (если админ не накосорезил с настройками).

Расскажите, как вы подобное сделаете при помощи dd?

Если же хочется более продвинутой интеграции, то перед снятием снапшота базе командуем встать в правильную позу (checkpoint на postgres, flush tables with read lock для MyISAM древнего, и так далее в зависимости от типа приложения). После того как снапшот взят, базе можно дать команду расслабиться и снять блокировки. Это всё можно сделать самописными скриптами.